新西伯利亚国立经济管理大学的历史起始于1929年。当时在新西伯利亚开设了西伯利亚国民经济学院。该学院被认为是建于1967年的新西伯利亚国民经济学院的前身。
那个时期新西伯利亚的企业缺乏经济领域的高级人才，例如规划师、金融家、会计、定额员。
而我校满足了这些需求。
年复一年我校学生人数不断增长：如果说1968年有将近250人的话，那么在第二年，已经增长到了800人。
我校于1994年荣升为研究院，2004年荣升为大学并更名为新西伯利亚国立经济管理大学。
我校始终积极致力于开展科研工作。20世纪七十年代我校参与了完善工厂内部核算制度的科研工作。八十年代，我校参与制定了新西伯利亚社会经济的远景计划。九十年代，参与国有经济向市场条件转化的项目研发。
我校的很多机构都建于后苏联时期。其中包括:信息技术系，法律系，社会人文学系，培训中心，俄罗斯联邦财政部审计员的考核和培训，危机管理培训中心，本校所有领域所运用的信息技术的信息技术中心，帮助培养学生在复杂的职业环境中做出正确选择的公事俱乐部，完成各种国际教育项目的国际商学院（现今名称为“国际教育项目中心”） ，由中央企业АРТЕСН WORLDWIDE，儿童计算机动画学校授权、致力于研究儿童及青少年现代信息技术的国际计算机教育中心APTECH、毕业生援助中心等等。
2012年我校在“俄罗斯联邦最好大学”的区域赛中获胜，进入由评级机构“专家”认可的“俄罗斯大学前100名”排行榜。